按微生物的種類區(qū)分
培養(yǎng)基按微生物的種類可分為細菌培養(yǎng)基、放線菌培養(yǎng)基、酵母菌培養(yǎng)基和霉菌培養(yǎng)基等四類。
（1）常用的細菌培養(yǎng)基有營養(yǎng)肉湯和營養(yǎng)瓊脂培養(yǎng)基。
（2）常用的放線菌培養(yǎng)基為高氏1號培養(yǎng)基。
（3）常用的酵母菌培養(yǎng)基有馬鈴薯蔗糖培養(yǎng)基和麥芽汁培養(yǎng)基。
（4）常用的霉菌培養(yǎng)基有馬鈴薯蔗糖培養(yǎng)基、豆芽汁蔗糖（或葡萄糖，葡萄糖比較昂貴）瓊脂培養(yǎng)基和察氏培養(yǎng)基等。
按照培養(yǎng)基用途區(qū)分
培養(yǎng)基按其特殊用途可分為基礎培養(yǎng)基、加富培養(yǎng)基、選擇性培養(yǎng)基和鑒別培養(yǎng)基。
（1）基礎培養(yǎng)基。是含有一般微生物生長繁殖所需基本營養(yǎng)物質的培養(yǎng)基。牛肉膏蛋白胨培養(yǎng)基是最常用的 基礎培養(yǎng)基。
（2）加富培養(yǎng)基。是在基礎培養(yǎng)基中加入血、血清、動植物組織提取液制成的培養(yǎng)基。用于培養(yǎng)要求比較苛刻的某些微生物。
（3）選擇培養(yǎng)基。是在普通培養(yǎng)基中加入特殊營養(yǎng)物質或化學物質，以抑制不需要的微生物的生長，有利于所需微生物的生長。用于將某種或某類微生物從混雜的微生物群體中分離出來。
（4）鑒別培養(yǎng)基。是在培養(yǎng)基中加入某種試劑或化學藥品，使培養(yǎng)后會發(fā)生某種變化，從而區(qū)別不同類型的微生物。如鑒別大腸桿菌的伊紅美藍培養(yǎng)基，鑒別纖維素分解菌的剛果紅培養(yǎng)基。
伊紅美藍培養(yǎng)基：用于鑒別大腸桿菌。右圖中是大腸桿菌菌落，菌落表面反光，有金屬光澤。
按培養(yǎng)基用于生產(chǎn)的目的區(qū)分
根據(jù)培養(yǎng)基用于生產(chǎn)的目的來區(qū)分，可以分為種子培養(yǎng)基和發(fā)酵培養(yǎng)基。
（1）種子培養(yǎng)基。種子培養(yǎng)基是為保證發(fā)酵工業(yè)獲得大量優(yōu)質菌種而設計的培養(yǎng)基。種子培養(yǎng)基的目的是提供大量優(yōu)質的菌種。所以這種培養(yǎng)基與發(fā)酵培養(yǎng)基相比，營養(yǎng)總是較為豐富，氮源比例較高。為了使菌種能夠較快適應發(fā)酵生產(chǎn)，有時在種子培養(yǎng)基中有意識地加入使菌種適應發(fā)酵條件的基質。
（2）發(fā)酵培養(yǎng)基。發(fā)酵培養(yǎng)基的目的是使生產(chǎn)菌種能夠大量生長并能累積大量代謝產(chǎn)物而設計的培養(yǎng)基。發(fā)酵培養(yǎng)基的用量大，因此對發(fā)酵培養(yǎng)基的要求，除了要滿足菌種需要的營養(yǎng)和累積大量代謝產(chǎn)物外，還要求原料來源廣泛，成本比較低。所以，這種培養(yǎng)基的成分一般都比較粗，碳源的比例較大。
除上述幾類培養(yǎng)基外，還有專門用于培養(yǎng)病毒等寄生微生物的活組織培養(yǎng)基，如雞胚等；專門用于培養(yǎng)自養(yǎng)微生物的無機鹽培養(yǎng)基等。
